Samenvatting
Yuuki Ashikaga is een eerstejaarsstudent op de Sakakino Academie. Terwijl hij werkt als studentenbibliothecaris, raakt hij verliefd op Kotonoha Katsura, een meisje dat de bibliotheek bezoekt. Helaas heeft Kotonoha al een relatie met Makoto Itou, een andere klasgenoot.
De situatie wordt nog ingewikkelder wanneer Chie, Yuuki's oudere zus, hem voorstelt aan Roka Kitsuregawa, haar kouhai in de basketbalclub. Roka raakt geïnteresseerd in Yuuki, die alleen oog heeft voor Kotonoha. Om hem jaloers te maken, liegt Roka en beweert dat ze al een vriend heeft, haar voormalige klasgenoot Makoto Itou. Helaas voor hen allemaal veroorzaakt Roka's leugen een reeks gebeurtenissen die niemand had kunnen voorspellen...
Opmerking: Cross Days speelt zich af midden in de originele School Days-verhaallijn en biedt een alternatieve kijk op hoe de zaken hadden kunnen aflopen.