Nina, een Wyndiaanse prinses, en haar voogd Cray zoeken overal naar Nina's vermiste oudere zus, Elina. Terwijl ze naar haar laatst bekende verblijfplaats reizen, krijgen ze een ongeluk. Op weg naar een nabijgelegen stad ontmoet Nina Ryu, een jongeman die schijnbaar aan geheugenverlies lijdt. Deze ontmoeting veroorzaakt een reeks gebeurtenissen waarbij ze betrokken raken bij het goddelijke ras dat bekend staat als The Endless, onsterfelijke draken met de kracht om de wereld zelf vorm te geven.
Volgt nauwgezet de verhaallijn van het originele spel.
