Negi Springfield, een 10-jarige goochelaar, streeft ernaar om uiteindelijk een “Magister Magi” te worden, een bijzondere goochelaar die, onder het mom van opereren onder een NGO, zijn krachten gebruikt om gewone individuen te helpen. Nadat hij was afgestudeerd aan de Merdiana Magic Academy in Wales, zou hem de taak kunnen worden gedelegeerd om Engelse les te geven op de middelbare school, waar zijn homeroomcursus uit 31 dochters bestaat, elk heel bijzonder op haar eigen manier van de Mahora Academy. De show beschrijft ervaringen en zijn tijd in Japan terwijl hij hen bijstaat in hun problemen, goedkeuring en respect krijgt van zijn leerlingen en geconfronteerd wordt met magische gevaren van zowel binnen als buiten de Mahora Academie. Negi's belangrijkste relatie is met Asuna Kagurazaka, kamergenoot en zijn leerling, die hem aanvankelijk niet mag, maar hem daarna als vriend herkent en zijn metgezel wordt, hoewel alle vrouwen haar eigen achtergrondverhaal en karakter hebben. Hij is ook op jacht naar zijn vader, die de Duizend Meester wordt genoemd.
Hoewel het aanvankelijk een ander romantisch komediewerk leek te zijn met talloze bish?jo-personages zoals Love Hina, is de show uitgegroeid tot een mix van sh?nen-romantiek, fantasie, horror, actie en komedie. Akamatsu zei dat hij vooral iets ‘anders’ wilde doen dan Love Hina. Negi zelf is nog niet in de puberteit, en verschillende van zijn scènes met Asuna zijn unieke variaties op de ‘ongemakkelijke romantische scène’-trend van harem-manga, onmiddellijk onschadelijk gemaakt en alleen maar gespeeld om te lachen. Bovendien zijn veel meisjes niet in staat om op een kinderlijke manier over hem heen te kruipen, zonder verwachtingen die intiem zijn bij de lezer [studie die uniek is?]
Bij het handhaven van deze specifieke mode wordt Negi zelf beschouwd als andere typische mannelijke hoofdrolspelers in de manga, evenals als een vergelijking met Love Hina's Keitaro Urashima. Hij werkt hard, is bekwaam en wordt vriendelijk behandeld, maar vanwege zijn uiterlijk en leeftijd (ruim onder de meerderheid van zijn leerlingen) voelt hij zich volkomen niet-bedreigend en vindt hij het moeilijk om serieus genomen te worden als leraar; verschillende van zijn leerlingen behandelen hem als een sluw klein kind, zo niet als een speelkameraadje (of speelgoed)
