In 1990 (voorheen 1986, maar Kurumada verplaatste data), in Elysion; De vijf Bronze Saints Seiya, Hyōga, Shun, Shiryū en Ikki, die grote schade hebben aangericht in het leger van de onderwereld en erin zijn geslaagd de God Cloths weer tot leven te wekken, gaan de strijd aan met de god Hades in een laatste duel op leven en dood. Tijdens het gevecht herinnert Hades zich dat hij Seiya's gezicht eerder heeft gezien en komt tot de conclusie dat hij eerder tegenover hem stond. Zo begint hij herinneringen op te halen aan zijn vorige gastlichaam, en het verhaal begint 247 jaar eerder, in de 18e eeuw. De hoofdpersoon, de Pegasus-heilige uit deze tijd, is een wees die beste vrienden is met een jongen genaamd Alone, de gastheer van Hades. De voormalige Bronze Saints Dohko en Sion, twee prominente personages in Kurumada's originele manga als de enige overlevenden van de heilige oorlog van die eeuw, zijn zojuist gepromoveerd tot Gold Saints en uiteindelijk ontmoeten de twee duo's elkaar.
