Samengevat
Mikan Sakura groeide op bij haar grootvader op het platteland van Japan. Als haar beste vriendin Hotaru naar een prestigieuze school in Tokio overgaat, volgt Mikan haar. De school is eigenlijk een elite Academie voor hoogbegaafde mensen met "Alices", een vaardigheid die uniek is, afhankelijk van het individuele wezen. Zodra Mikan bij de poorten van de school aankomt, ontmoet ze een Alice-leraar genaamd Narumi, wordt ze ingeschreven vanwege een reeks gebeurtenissen en krijgt ze te horen dat ze een zeldzame Alice bezit. Ondanks haar aanvankelijke kijk op de zogenaamde grootsheid van de school, ontdekt Mikan langzaamaan dat er onder de grootse façade van de Academie een oneindige stroom van leugens en verborgen geheimen is. De steeds meer manipulatieve en sinistere acties van de school jegens haar maken het tot een gevaarlijke plek om te zijn. Mikan weet niet dat haar inschrijving voor Alice Academy de versnelling in gang zette voor een nog grotere tragedie.