Samengevat
Vindt plaats een paar jaar na de eerste Ghost In The Shell-manga. De majoor wordt sindsdien vermist en Ghost in the Shell 2 volgt de mysterieuze Motoko Aramaki terwijl ze een onderzoek leidt naar een incident in een orgelfabriek en de gevolgen daarvan. Ze is op de vlucht om de rotzooi op te ruimen en zichzelf te redden. Ondertussen onderzoeken de voormalige leden van sectie 9 Motoko om erachter te komen wie ze werkelijk is.