Samengevat
12.000 jaar na de gebeurtenissen van Sousei no Aquarion, wordt de mensheid bedreigd door een nieuwe vijand uit een andere dimensie genaamd “Abductors”, die net als de Shadow Angels de menselijke steden binnenvallen om haar inwoners te ontvoeren. Om de mensheid te beschermen tegen deze invasie, heeft de Neo-DEAVA-organisatie twee teams opgericht, een bestaande uit alleen mannen en een andere uit alleen vrouwen, die elk hun eigen gigantische machines besturen, genaamd "Aquaria". Om zijn nieuwe vriend Mikono te beschermen, besloot tiener Amata Sora de krachten te gebruiken die hij zijn hele leven geheim heeft gehouden en door Vectors met mannelijke en vrouwelijke piloten te combineren in één enkele robot, wordt de legendarische reus Aquarion opnieuw herboren.