Samengevat
Bungou Stray Dogs Gaiden: Ayatsuji Yukito VS. Kyougoku Natsuhiko vertelt het verhaal van de "rechercheur moordzaken" Ayatsuji Yukito en zijn assistent Mizuki Tsujimura terwijl ze op verzoek van de regering een mysterieuze moordzaak proberen op te lossen. Hun zoektocht leidt hen uiteindelijk naar Yukito's oude aartsvijand en publieke vijand Kyougoku Natsuhiko.