Samengevat
D.Gray-man volgt de avonturen van de 15-jarige Allen Walker, wiens linkerarm kan veranderen in een monsterlijke klauw en akuma kan vernietigen, evoluerende machines gemaakt door de Millennium Earl om hem te helpen de mensheid te vernietigen. Op bevel van zijn meester generaal Cross Marian wordt Allen een exorcist, mensen die akuma kunnen vernietigen, voor de Black Order, een organisatie die probeert de graaf te stoppen. Hij wordt een krachtige aanwinst voor de Orde omdat hij met zijn linkeroog vermomde akuma kan detecteren. Allen wordt gestuurd om stukjes Innocence te herstellen, een stof die bepaalde mensen, genaamd Exorcists, de mogelijkheid geeft om akuma te vernietigen. De graaf besluit de familie Noah bijeen te roepen, bovenmenselijke afstammelingen van Noah die Innocence kunnen vernietigen. Beide partijen gaan op zoek naar het Grote Hart, het krachtigste stukje onschuld dat de overwinning zal verzekeren voor de partij die het vindt.