De weggelopen student Ninja Hayate

Hayate Shinobu is niet je gewone 3e klasser; hij is een voortvluchtige ninja die steeds van school verandert om te ontsnappen aan degenen die hem achtervolgen.
Als hij gepakt wordt, is het enige dat op hem wacht de dood.

Aan de andere kant, voor de achtervolgers, is de enige manier om mislukking in hun missie te compenseren ook de dood.
De homeroomleraar van Hayate is ook een ninja en hij heeft besloten Hayate uit te voeren om de ninja-code te beschermen, ondanks de bezwaren van de Board of Education en zijn eigen angst.

Hayate moet talloze moeilijkheden overwinnen in zijn streven om een ​​gewone basisschoolstudent te zijn.