Gebaseerd op een populair otome-spel, volgt Hakuouki Chizuru en de Shinsengumi in een alternatieve realiteit. Chizuru reist naar Kyoto op zoek naar haar vermiste vader, maar nadat ze betrokken was bij een incident, werd ze uiteindelijk opgenomen door de Shinsengumi, waar ze de leden ontmoet, waaronder de beroemde Hijikata Toshizo en Okita Soshi. De vader van Chizuru deed overheidsonderzoek om de Shinsengumi te versterken en ontwikkelde de ochimizu. De ochimizu is een formule die demonachtige kracht en regeneratie-effecten geeft, maar eenmaal ingenomen ervaart de gebruiker extreme pijn en verandert uiteindelijk in een bloedhongerig monster.
In een poging Chizuru te verdedigen, neemt Hijikata de ochimizu en hoewel de situatie is gered, wordt hij nu getroffen door de ziekte. Okita wordt ook gedwongen de formule te gebruiken wanneer zijn tuberculose hem ervan weerhoudt Chizuru en zichzelf te verdedigen. Zich verantwoordelijk voelen voor hun acties, moet Chizuru haar gevoel van hulpeloosheid bestrijden en de moed vinden om de Shinsengumi te steunen.
