Marie zit gevangen in een vreselijke situatie. Ze wordt constant gekweld door haar klasgenoten en regelmatig misbruikt door haar leraar. Ze kan nergens anders heen en vraagt om bovennatuurlijke hulp van een van de zeven demonen van de zeven mysteries van haar school. Het enige wat ze verlangt is de dood van haar wrede klasgenoten en leraar. Hoe ver zal Marie bereid zijn te gaan om de moorden te bereiken die haar uit haar levende hel zouden bevrijden?
Higanbana no Saku Yoru ni speelt zich af in een niet nader genoemde schoolomgeving en is samengesteld uit talloze op zichzelf staande korte verhalen, elk verteld vanuit het perspectief van een student of personeelslid van de school. Deze verhalen hebben pesten als een belangrijk overkoepelend thema, aangezien de hoofdrolspeler van elk verhaal wordt afgebeeld als een slachtoffer van pesten of zelf een pester. Higanbana draait om een reeks stedelijke legendes veroorzaakt door bovennatuurlijke wezens genaamd y? Kai, die elk eigendom claimen van een bepaald "mysterie" en iedereen vermoorden die het probeert te onderzoeken. Er zijn in totaal zeven "mysteries" aan het begin van de serie, met talloze y? Kai die met elkaar vechten in een voortdurende strijd om eigendom van deze mysteries, die wordt toegekend aan de zeven y? Kai die als overwinnaar uit het conflict komen. . De hoofdrolspelers van de verhalen hebben interactie met ten minste één van de inwonende y? Kai van de school, die de hoofdrolspelers dwingen om te gaan met de gevolgen van hun acties met betrekking tot pesten.
