Het verhaal van Kanon, dat zich midden in de winter afspeelt, betreft een groep van vijf meisjes die terugverbonden zijn met dezelfde jongen. Yuichi Aizawa, de hoofdrolspeler, had zeven jaar voordat het verhaal begon de stad bezocht waar het verhaal zich afspeelt.
In het begin staat Yuichi erg los van de stad en haar inwoners. Voorafgaand aan zijn terugkeer wordt besloten dat hij bij zijn neef, Nayuki Minase, en haar moeder, Akiko, zal blijven. Na zijn lange afwezigheid is Yuichi bijna alles vergeten, behalve kleine details van wat er zeven jaar eerder is gebeurd, en moet hij worden herinnerd aan wat hij heeft achtergelaten.
Op de dag na Yuichi's terugkeer is hij uit met Nayuki die hem de stad laat zien. Nayuki herinnert zich dat ze dingen moet kopen voor het avondeten en Yuichi aarzelt om met haar mee te gaan, met het argument dat hij misschien verdwaalt. Even nadat Nayuki hem op het trottoir had laten wachten, stormt een vreemd meisje genaamd Ayu Tsukimiya met weinig waarschuwing op hem af. Als ze hersteld is, sleept ze hem weg naar een nabijgelegen café en bekent ze dat ze per ongeluk een tas gevuld met taiyaki heeft gestolen nadat ze per ongeluk door de verkoper was weggejaagd voordat ze de kans had om te betalen. Yuichi sleept Ayu vervolgens terug naar de verkoper, ze verontschuldigen zich allebei voor de problemen en Ayu wordt vergeven. Ze besluiten elkaar nog een dag te ontmoeten en Ayu rent weg.
Yuichi is zich er eerst niet van bewust, maar drie andere meisjes die hij was vergeten, kennen hem. Door het hele verhaal heen, terwijl hij leert over de bovennatuurlijke ondertoon van de stad, wordt Yuichi herinnerd aan elk meisje en de gebeurtenissen van zeven jaar geleden in de stad bedekt met sneeuw.
