Samengevat
Het verhaal speelt zich af in het jaar 2020, slechts drie jaar na de gebeurtenissen van .hack // GU. (Het verhaal speelt zich niet alleen af in de nieuwe versie van "The World" die bekend staat als "The World R: X", het is een populair spel) maar ook in de echte wereld. De hoofdpersoon is een middelbare scholier genaamd Tokio Kuryuu. Hij leidt een normaal leven als gamer totdat een mysterieus meisje genaamd Ayaka Amagi naar zijn school gaat en hem meeneemt in de gamewereld.