Negi Springfield, een 10-jarige goochelaar, streeft ernaar om uiteindelijk een "Magister Magi" te worden, een bepaalde goochelaar die, onder het mom van opereren onder een NGO, zijn krachten gebruikt om gewone individuen te helpen. Na zijn afstuderen aan de Merdiana Magic Academy in Wales, zou hij de taak van het lesgeven van Engels op de middelbare school kunnen worden overgedragen, waar zijn homeroomcursus uit 31 dochters bestaat, elk heel bijzonder op haar eigen manier van Mahora Academy. De show beschrijft ervaringen en zijn tijd in Japan terwijl hij hen bijstaat in hun problemen, de goedkeuring en het respect van zijn leerlingen verkrijgt en de magische gevaren van zowel binnen als buiten Mahora Academy confronteert. Negi's belangrijkste relatie is met Asuna Kagurazaka, kamergenoot en zijn leerling, die hem aanvankelijk niet mag, maar hem daarna herkent als een vriend en zijn metgezel wordt, hoewel alle vrouwen haar eigen achtergrondverhaal en karakter hebben. Hij is ook op jacht naar zijn vader die de Thousand Master wordt genoemd.
Hoewel het in eerste instantie weer een romantisch komedie-werk lijkt te zijn met talloze bish? Jo-personages zoals Love Hina, is de show uitgegroeid tot een mengeling van romantische romantiek, fantasie, horror, actie en komedie. Akamatsu zei dat hij vooral iets 'anders' wilde doen dan Love Hina. Negi zelf is prepuberaal, en verschillende van zijn scènes met Asuna zijn unieke variaties op de "onhandige romantische scène" -trend van harem-manga, onmiddellijk onschadelijk gemaakt en gewoon gespeeld om te lachen. Bovendien zijn veel meisjes niet in staat om op een kinderlijke manier over hem heen te kruipen zonder verwachtingen die intiem zijn in de lezer [studie die uniek is?]
Bij het handhaven van deze specifieke mode wordt Negi zelf beschouwd als andere typische mannelijke manga-hoofdrolspelers, evenals een vergelijking met Love Hina's Keitaro Urashima. Hij is hardwerkend, bekwaam en vriendelijk behandeld, maar door zijn uiterlijk en leeftijd (ver onder de meerderheid van zijn leerlingen) voelt hij zich volkomen niet-bedreigend en vindt hij het moeilijk om serieus genomen te worden als leraar; verschillende van zijn leerlingen behandelen hem als een sluw klein kind, zo niet als een speelkameraad (of speeltje)
