Samengevat
Mirai is een 13-jarig meisje dat in de mensenwereld leeft. Op een dag is ze getuige van een mysterieus object dat uit de lucht het park in valt. Opgewonden neemt ze haar knuffelbeer Mofurun mee om te zien wat het was. Als ze daar aankomt, ziet ze een meisje genaamd Riko op een bezem vliegen. Riko is van dezelfde leeftijd en afkomstig uit de magische wereld. Mirai heeft veel vragen en Riko legt uit dat ze op zoek is naar een juweel met sterke krachten dat 'Link Stone Emerald' heet. Dan verschijnt Batti, een bondgenoot van de duistere magie-gebruikers Dokurokushi, voor hen en eist dat Riko de "Link Stone Emerald" overhandigt, waarnaar Riko zelf op zoek was. Tot overmaat van ramp gebruikt Batti duistere magie om een monster te creëren dat bekend staat als een Yokubaru! Mirai en Riko slaan de handen ineen en met de magische woorden "Cure-up Rapapa!" ze transformeren in de legendarische Pretty Cure.