Samengevat
Mei no Naisho draait om het leven van het titelpersonage Mei Haruna, een verwijfd jongetje dat als meisje door zijn heksenmoeder werd opgevoed en zichzelf altijd als een vrouw beschouwde. Zijn moeder was het enige gezin dat hij had, dus nadat ze stierf, gaat hij over naar een meisjesschool en komt hij in de slaapzaal van de school wonen met zijn pratende bekende kat Abel en zijn kamergenoot Fuuka Honjou, die ook lid is van de commissie openbare zeden. Kort nadat ze op school zijn aangekomen, ontdekken zijn nieuwe vrienden na een magische vertoning in het gemeenschappelijke bad van de slaapzaal dat hij eigenlijk een man is, hoewel dit een behoorlijke schok voor hem is, ondanks dat hij zich bewust is van de fysieke verschillen tussen hem en normale meisjes. Ondanks dat hij ontdekt is, en na een behulpzaam tussenkomst van de perverse voorzitter van de studentenraad, besluit de directeur van de school dat hij op de school kan blijven. De volgende dag komt Mei met Fuuka naar school en verontschuldigt zich voor het verbergen van het feit dat hij een heks was, en vertelt de anderen dat hij blijkbaar een man is. De andere studenten accepteren hem al snel als een van hen en zijn onder de indruk hoe hij magie kan gebruiken.