Samengevat
Yuuichi Tate is dolblij: hij mag naar een gloednieuwe middelbare school. Natuurlijk komt hij er toevallig achter dat de school die hij kiest regelmatig wordt aangevallen door vreemde wezens genaamd "Orphans", en de school heeft een speciale taskforce van vrouwelijke leden opgericht genaamd "HiME"s, die verschillende elementen als hun krachten gebruiken om deze indringers te bestrijden. Dat is echter niet alles. Elk lid van de HiME-taskforce heeft zijn eigen, unieke "Sleutel", een andere persoon die, wanneer hij wordt ontdekt, kan samenwerken met de HiME om een "Kind" te creëren, een strijdlustige eenheid die specifiek nodig is om effectief tegen deze wezen te vechten. En met het geluk van Yuuichi komt hij er toevallig achter dat hij niet alleen de "Sleutel" is voor een van de HiME's, maar voor twee... Twee zeer competitieve, rivaliserende schoolmeisjes. En dat is nog maar het begin van de ellende.