Een plotselinge toename van vreemde moorden. Een wereld die op zijn einde loopt, geeft aanleiding tot een ongekende meesterdetective !!! Het verhaal volgt de gemotiveerde detective Asano Misaki en haar slappe partner Hijirihara Takumi. Ze werken bij het Special Crime Investigation Agency (SCI), dat de leiding heeft over zaken die als abnormaal of bizar worden beoordeeld. In het midden van hoofdstuk 3 van de serie wordt onthuld dat Killer Killer eigenlijk een officieel zijverhaal is voor de Danganronpa-serie, dat zich afspeelt na 'Ultra Despair Girls - Danganronpa: Another Episode' en voor 'Super Danganronpa 2: Goodbye Despair Academy "
