Het verhaal speelt zich af in een wereld waar bovennatuurlijke krachten bestaan door middel van wetenschap, en magie bestaat door religie. In het verhaal is Touma Kamijou een gewone middelbare scholier met vreselijke academische scores en een kracht genaamd Imagine Breaker. Stel je voor dat Breaker elke andere macht kan verslaan, maar het ondermijnt ook Kamijou's eigen geluk. De enorme kracht van zijn Imagine Breaker is letterlijk onmeetbaar, dus de ongelukkige Kamijou staat op het bovennatuurlijke niveau van 0. Hij ontmoet toevallig een meisje in het wit dat aan zijn raambalkon hangt. Het meisje zegt dat ze wordt achtervolgd door tovenaars, en Kamijou ontdekt dat het meisje een non van de Kerk van Engeland is wier herinneringen met geweld zijn vervangen door Index-Librorum-Prohibitorum – de 103,000 verboden teksten van de kerk.
