De vrede kan in Hoenn zijn hersteld nadat de boosaardige plannen van Team Aqua, Team Magma en later Guile Hideout werden stopgezet. Toen er echter een nieuwe crisis naderde, had Steve Stone geen andere keuze dan opnieuw de hulp in te roepen van Ruby, Sapphire en Emerald. Wat maakte het voor de jonge trainers noodzakelijk om de mysterieuze krachten van mega-evolutie aan te boren? Had de crisis op enigerlei wijze te maken met de vreemde 'omega'- en 'alfa'-symbolen op een nog nooit eerder vertoonde muurschildering van Groudon en Kyogre in de Granietgrot? Joseph Stone, de vader van Steven en de president van de Devon Corporation, zou iets belangrijks op het spoor kunnen zijn toen hij het onopvallende 'delta'-teken op het schilderij zag...
