Het verhaal gaat verder waar het eerste seizoen slechts maanden in de toekomst stopte. Yuokai Gakuen is gerepareerd en het nieuwe semester is begonnen. Tsukune en bende zijn terug, en machtiger dan ooit. De ware identiteit van Anti-Thesis is opgelucht. Met nieuwe tegenstanders aan de horizon, en iets veel sinisters dan de bende ooit heeft meegemaakt.
Tsukune vecht met het monster in hem. Met de hulp van Moka, Mizore, Kurumu, Ruby en Yukari. Tsukune traint om zijn vampierbloed onder controle te krijgen en de kracht om te beschermen wat hem dierbaar is.
Het nieuwe seizoen richt zich meer op de meisjes, hun verleden en hun families. Nieuwe confrontaties wachten op hen. Nieuwe vrienden en bondgenoten zullen zich bij hen voegen. Samen zullen ze de geheimen van Moka's rozenkrans ontdekken, en haar afkomst ...
