Last Order begint wanneer de nanotechnologie van Desty Nova Alita doet herleven in de drijvende stad Tiphares. De zwarte geheimen van de stad worden venijnig ontmaskerd, maar het lijkt een klein deel van een gecompliceerde wereld te zijn. Alita gaat de ruimte in met oude en nieuwe bedrijven om meer te weten te komen over haar vergeten verleden en om op zoek te gaan naar haar verloren vriend Lou Collins. Alita raakt verwikkeld in een interplanetaire strijd tussen de belangrijkste krachten van het gekoloniseerde zonnestelsel. Onderweg vormt ze een alliantie met drie van de Alita Replica's die nu voor zichzelf zijn gaan geloven, een onsmakelijke superhacker, en Nova zelf wanneer ze deelneemt aan het Zenith of Things Tournament (ZOTT), een vechtwedstrijd die elke 10 jaar wordt gehouden. Met inbegrip van de manier waarop de aarde verscheen na een cataclysmische winter die het grootste deel van het publiek wegvaagde gedurende het hele verhaal, wordt meer geschiedenis getoond over de setting van Battle Angel Alita die niet in de eerdere reeks was onthuld.
