Samengevat
Shinji Saitou is een middelbare scholier met een talent voor het uithalen van grappen om zijn verveling te genezen. Op een dag, na een woordenwisseling met zijn beste vrienden, ontvangt hij een e-mail waarin hij leert “hoe hij een onzichtbaar persoon kan maken”.
Wat volgt is een ontmoeting die hem dreigt weg te scheuren van Sodegi Kana, een meisje dat zijn gevoelens voor haar beantwoordt. Het is deze ontmoeting met een ander meisje, dat een diepe, maar onbekende band met Shinji deelt, die wenkt in zijn onvermijdelijke transformatie tot een van de "onzichtbare mensen" zelf.